拉萨市水利局前身为拉萨市水利水电工程队，1967年秋至1969年初，市水利水电工程队划归市农牧局管理，1969年初市水利电力工程队隶属关系由农牧局划归市工业局管理，1969年7月市水利电力工程队成立了革命领导小组，1970年12月经上级批准，为加强市水电建设正式录用拉萨中学毕业生46名，1971年7月在堆龙德庆县桑姆农场成立了拉萨市水利电力工程队革命领导小组，共计干部职工32人，1972年底拉萨市水利电力工程队归市农牧局，1978年更名为拉萨市水利电力设计安装队。1984年5月经市委会议研究成立了拉萨市水利电力设计安装队，1987年4月在机构改革中，拉萨市水利电力局县级单位降为区级单位，隶属市农牧局领导，1996年5月市水利电力局升为副县级单位，并成立了拉萨市水利勘察规划设计室，2002年经市政府办公厅拉政（2002）61号文件批准 ，成立拉萨市水利电力勘察规划设计院，负责水利项目勘察、规划、设计前期工作，编制28名实行差额拨款。
    1997年8月在西藏自治区建设厅办理了工程设计证书资质为丙级，设计院在规定的范围内完成了较多的水利、水电勘察设计工作。先后完成了拉萨河规划设计、林周县农业综合规划、林芝县综合规划、日喀则南木林县电站、林芝县电站、尼木县电站、米林县电站、堆龙德庆县电站、墨竹工卡日多电站、尼木县麻江电站、曲水县茶巴拉干渠、堆龙乃琼干渠、曲水才纳干渠、尼木塔荣灌区、林周县牛玛干渠、堆龙柳梧节水工程、达孜德庆节水工程。近几年完成了，尼木县曲林灌区、尼木县普松灌区、尼木县续迈灌区，墨竹工卡开发区防洪堤、林周县城段防洪堤、拉萨河嘎巴村段应急防洪堤、当雄县城防洪堤、拉萨河太阳岛坍塌段应急整治工程、达孜县曲尼帕应急整治、尼木县吞巴小流域综合治理、曲水尼浦沟小流域综合治理，八座水库等中小型水利电力项目的勘察设计工作。
    水利工程勘测、规划、设计为设计院的主要任务，随着市场的需求，设计院在不断加强这方面的力量。近年来，拉萨市水利勘察规划设计院不仅从相关院校吸收专业人才，还在本队现有技术人员中加强业务培养，做到了实践中不断锻炼，使之业务人员技能得到一定的提高。目前设计院具有高级工程师4人，工程师4人，助理工程师9人。
    拉萨市水利勘察设计院发展到至今，其勘测、设计力量较为雄厚、设备齐全、管理科学、为西藏的水利事业发挥了应有的作用，作出了较大的贡献。